ASTとALTの値からビタミンB不足が改善しない理由はなぜ？ということですよね。

要因は色々あるかと思いますが、一番には低血糖があるのでは？ということです。
血糖変動により低血糖があると糖新生が亢進してビタミンB6の消耗量が上がりやすいです。
お姉さんは中性脂肪も低いでしょうか？

それと腸内環境の悪さからの個人差もビタミンBに関してはとても大きいですよ。

ピロリ菌いたりしませんかね。
お調べになったことはありますか？
自治体によっては公費で中学生以上は検査できたりします。

最近ではお子様もピロリ菌いる子が多いです。
ピロリ菌も栄養の吸収を障害します。

ドクターがきちんと診察して処方を決めてくれていますので、数値だけに振り回され過ぎずに、実際に元気になってきているのかどうかのところでのご判断もとても大事ですよ。