お嬢様、お若い頃からの様々な体調不良をよく頑張って乗り越えてこられましたね。
お母様の日々の食事管理にも頭が下がります。

「タンパク質が吸収されずに身体に溜まっている」という表現にはやや誤解があるかもしれません。
副腎疲労があると、コルチゾールが多量に分泌され、筋肉を分解してエネルギーを作り出す過程で尿素窒素が高くなります。
筋肉分解が進むと総蛋白が低下し、これが原因でブレインフォグやお腹の張りが起こりやすくなることも考えられます。

現在、消化酵素やプロテインを摂取して調子が改善しているとのことなので、引き続きこの方向で進めるのが良いかと思います。
また、お嬢様はナイアシンの必要量が高い体質であり、血中濃度が上がりにくいこともありますが、臨床症状を見ながら適切に補充を続けてください。

日本キナーゼについては、酸化ストレスが大きければ微小血栓ができやすくなり、AGEsやブレインフォグの改善に寄与する可能性があります。
体感効果がどれほどかは個人差がありますが、試してみる価値はあると思います。