「クリニックで“生理10日目〜21日間7日使用”と言われた」「別の医師から“移植後も数日継続使用したほうが良い”と言われた」…

それぞれの指示で混乱されていると思います。

実際のところ、 腟／子宮内のフローラ（特にラクトバチルス優勢）を良好に保つことが、着床や妊娠継続に有利であるという研究は出ていますが、『この時期からこの時期までこれだけ使えば確実に良くなる』という明確な決まりはまだ確立されていないようです。

ですので、まずは「クリニックが指定した7日間使用」をきちんと実行することが基本として良く、もし「移植後にも数日使用を」と言われているのであれば、その指示も合わせて遂行したほうが理論的には安心です（前処置＋後処置という流れになります）。

移植後にも投与した方が良いというのは、流産防止の効果を狙っての考え方だと思います。

また、治療スケジュール上、移植日に投与したり、移植後に投与することには、問題はないようですが、移植日には投与を避けるという事や使用期間や継続日数についてはクリニックや医師によって扱いが異なるため、もし不安がある場合は「移植後何日間使用するか」「使用を終了して良い基準は？」などを主治医に確認しておくと安心です。