お酒造りの杜氏の方の事をよくご理解しているからこその良い質問だと思いました。

納豆やヤクルトを控えるのは、菌が体外に出て酒蔵に入り込み、麹菌や酵母に影響する可能性があるためです。

サプリは体内で消化・吸収されるため、基本的には酒造りに直接影響することはほとんどありません。

ただし、納豆菌（芽胞菌）を含むサプリは粉の飛散などに注意できるとより安心です。

一般的な乳酸菌サプリであれば、過度に心配されなくて大丈夫です。