お腹の状態にもよると思いますが、プロテインも未消化になるとお腹に負担をかけることになります。
未消化の食べ物が腸管に送られると、吸収できずに排泄される可能性があります。
また、腸内毒素によって腸管粘膜がダメージを受けていると、リーキーガット症候群の状態になり、未消化物が体内に入り込み、自己免疫が攻撃して不調が起きることもあります。

グルタミンを摂って小麦を抜くだけでも腸の負担は軽減されているはずです。
プロテインを飲む場合は、まずはお腹の反応（膨満感やガスなど）が出ないかを様子を見ながら、少量から試してみてください。

プロテインは人工甘味料入りのものはおすすめしません。かえってお腹の調子を悪くしやすいです。