息子さんのご体調、心配ですね。
3月からの再発ということで、季節の変わり目や天候の影響がかなり大きいように感じられます。

今のサプリや処方内容からみても、栄養的にはかなり丁寧にケアされている印象です。

鉄・フェリチンのチェックは済みでしょうか？

起立性の症状や頭痛の背景に鉄不足や潜在的な貧血があることも多いです。

すでにチェックされている可能性もありますが、もしまだでしたら、フェリチン値（貯蔵鉄）を含めた血液検査をしてみてもよいかもしれません。
ラクトフェリンが処方されているようなので、もしかしたらすでに服用されているかもしれませんが…

お腹の調子は壊しやすい方なのでしょうか？

マグネシウムも種類があり、グリシンでキレートされたマグネシウムは比較的お腹も緩くならないと思います。
主治医の先生にご相談くださいね。

追加の情報です。
栄養療法はどのくらい継続されていますでしょうか？

栄養を入れただけで効果が上がる方も多いですが、起立性調節障害の陰に腸内環境の悪化が隠れていたりします。
主にカンジダの増殖などです。
カンジダが増殖していますと、だるさや倦怠感、頭痛、朝起きられないといったような症状が頻出しやすいです。

この点も、一度主治医にご相談ください。
栄養解析は、血液中の栄養が不足を見るもので、腸内環境は想定はできますが、詳しくはわかりません。

有機酸検査などのバイロジカル検査をしていただくと、今後の治療の方針が獲得しやすいかと思います。