カンジダ除菌食の指導の時は、味噌などの発酵食品は一応抜く食品に入ってます。
これもケースバイケースですね。
抜かないと除菌できないか？
ということでもないです。

味噌やキノコ（まいたけ以外のもの）は除菌スタートして1ヶ月は抜いてみて様子を見ましょうとお伝えすることもありますが、抜いたからといって凄く体感効果が上がるわけではないです。