腸内環境改善と妊活のためにそれぞれ適切なサプリを選ばれているのは素晴らしいですね。
確かに、食物繊維と亜鉛の関係については少し注意が必要です。

食物繊維が亜鉛の吸収を阻害する理由

食物繊維の中には、特に不溶性食物繊維（例：小麦ふすまなど）が亜鉛と結合し、吸収を妨げることがあります。
また、フィチン酸（玄米や豆類に含まれる成分）も亜鉛の吸収を低下させる要因です。

ただし、食物繊維も相当過剰に摂取しないと吸収の阻害は実際には起こらない可能性の方が高いのでは？と思っています。
日本人の食物繊維の摂取量は概ね厚労省推奨の量を達成していません。

ということで、どちらか一方に絞る必要はありません。
気になるようでしたら、サプリの摂取タイミングの調整（摂取タイミングをずらす）をすると良いですね。

腸内環境と妊活のどちらも大切なので、うまく両立できるよう工夫してください。